بدأ الاهتمام بالتعليم العالي من حيث الإشراف عندما صدر قانون التعليم العالي عام 1980 وأنشئ بعد ذلك مجلس التعليم العالي عام 1982 ليشرف بدوره على مؤسسات التعليم العالي الأردنية، وفي عام 1985 أنشئت وزارة التعليم العالي، وصدر قانون التعليم العالي رقم (28) لسنة 1985 الذي حدد أهداف التعليم العالي كما حدد صلاحيات ومسؤوليات مجلس التعليم العالي ووزارة التعليم العالي، وعلاقاتها بمؤسسات التعليم العالي، وبعد مرور ثلاثة عشر عاماً على تأسيس الوزارة صدر قانون التعليم العالي رقم (6) لسنة 1998 والذي تم بموجبه إلغاء وزارة التعليم العالي واستبدالها بمجلس التعليم العالي وإتباع  كافة  كليات المجتمع الأردنية لجامعة البلقاء التطبيقية.

وبعد تسلّم جلالة الملك عبدالله الثاني بن الحسين المعظم سلطاته الدستورية ورد في أحد كتب التكليف الملكي السامي إعادة إنشاء وزارة التعليم العالي والبحث العلمي بتاريخ 21/8/2001 لتتولى عملية الإشراف والمراقبة على مؤسسات التعليم العالي الرسمية والخاصة والنهوض بمستوى التعليم العالي ليواكب ويتواءم مع التطورات التي شهدها قطاع التعليم العالي في العالم وحاجات وتطلعات المجتمع الإنسانية والبيئة بشكل عام.

صدرت ثلاثة قوانين أساسية تنظم سير العمل في هذه الوزارة عام 2001  ثم جرى عليها التعديل في العامين 2003/2004 وهي:

·   قانون التعليم العالي والبحث العلمي المؤقت رقم41 لسنة 2001 وتعديلاته.

·   قانون الجامعات الأردنية الرسمية المؤقت رقم 42 لسنة 2001 وتعديلاته.

·   قانون الجامعات الأردنية الخاصة المؤقت رقم 43 لسنة 2001 وتعديلاته.

وتشرف وزارة التعليم العالي والبحث العلمي الأردنية على قطاع التعليم العالي في الأردن من خلال مجلس التعليم العالي الذي يتولى رسم السياسة العامة لقطاع التعليم العالي وصندوق دعم البحث العلمي وهيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي وفريق الوزارة الفني والإداري المتمثل يعدد من المديريات التي تدعم العمل من شانها الارتقاء بمستوى التعليم العالي في الأردن من خلال لجان علمية متخصصة تقوم بدارسة كافة الشهادات الصادرة عن مؤسسات التعليم العالي غير الأردنية والاعتراف بها ومعادلتها والتصديق على كافة الوثائق الصادرة.

كما وتقوم الوزارة بدعم الطلبة المتفوقين المحتاجين الدارسين في الجامعات الأردنية الرسمية من خلال بعثات أوائل المملكة وأوائل الألوية والمنح والقروض المقدمة من صندوق دعم الطالب، إضافة إلى عدد من المنح المقدمة من شركات القطاع الخاص، والمنح المقدمة من صندوق دعم البحث بحيث يتم دعم مشروعات البحث العلمي التي تلبي الاحتياجات والأولويات الوطنية، و تقديم منح لطلبة الدراسات العليا المتفوقين أكاديمياً، إضافة إلى إنشاء عدد من البرامج الدولية منها مكتب تمبوس الوطني (TEMPUS) لتبادل الطلبة للدراسة في الجامعات الأوروبية نظام الدراسات العليا، ومشروع الأمم المتحدة الإنمائي(UNDP)، مشروع تطوير التعليم العالي نحو الاقتصاد المعرفي (HERfKE) لدعم أعمال الوزارة والقطاع على حد سواء.

ونظراً للتطورات التي حدثت لقطاع التعليم العالي في الأردن تطلب الأمر إعادة النظر في القوانين والأنظمة المنظمة لعمل هذا القطاع في سبيل المحافظة على جودة ونوعية مخرجات التعليم العالي وزيادة دعم استقلالية الجامعات، حيث صدر قانون الجامعات الأردنية رقم (20) لسنة 2009، وكذلك قانون التعليم العالي الجديد رقم (23) لسنة 2009 والذي انشأ بموجبه:

·  وحدة السياسات والتخطيط والتي تتولى بموجب القانون الجديد مهام جمع البيانات والمعلومات الخاصة بقطاع التعليم العالي وإجراء الدراسات لدعم أعمال المجلس وغيرها من المهام التي وردت في القانون.

·  كذلك وحدة تنسيق القبول والتسجيل حيث تتولى هذه الوحدة قبول الطلبة في الجامعات الرسمية وفقا للأسس التي يقرها مجلس التعليم العالي.

وبعد صدور قانون هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي رقم (20) لسنة 2007 الذي بموجبة تتمتع الهيئة بشخصية اعتبارية ذات استقلال مالي وإداري وتهدف الى التأكد من تحقيق مؤسسات التعليم العالي الأردنية لمعايير الاعتمادين العام والخاص، و تحسين نوعية التعليم العالي في المملكة وضمان جودته، وتحفيز مؤسسات التعليم العالي على الانفتاح والتفاعل مع الجامعات ومؤسسات البحث العلمي وهيئات الاعتماد وضبط الجودة الدولية، وتطوير التعليم العالي باستخدام معايير قياس محددة.

واستمراراً لسعي الوزارة بتطوير كافة أعمالها وفقاً لخطة استراتيجيه للوزارة للأعوام 2007-2010 فقد أطلقت الوزارة العديد من المبادرات النوعية والفريدة منها دخول الوزارة جائزة الملك عبد الله الثاني للتميز في الأداء الحكومي، وهذه الجائزة جاءت لتؤكد الاهتمام بالموظفين العاملين الفاعلين في المؤسسات الحكومية، إضافة إلى الاهتمام بمتلقي الخدمة، إضافة إلى أهمية دور التدريب والتعليم المستمرين للموظفين ومنح الحوافز المختلفة والمكافآت.

وفي مجال تطوير الأداء المؤسسي تعكف الوزارة حالياً على إعادة دراسة وتطوير خطتها الإستراتيجية وتحديد وقياس مؤشرات الأداء لأهدافها ووضع خطط ومتابعة أدائها، وبناء الهيكل التنظيمي، واقتراح العمليات لتطوير أساليب العمل وتبسيط الإجراءات وتحديث الوصف الوظيفي، واقتراح تقديم الخدمات المرجعية لمتلقي الخدمة وإصدار المنشورات وإعداد التقارير السنوية لانجازات الوزارة، وإشراك متلقي الخدمة في اتخاذ القرارات من خلال صندوق الشكاوي وتقديم الاقتراحات والتوصيات واتخاذ القرارات، ودراسة رضا متلقي الخدمة وزيادة نسبة الرضا ودراسة رضا الموظفين والعمل على زيادة نسبة الرضا لهم من خلال التدريب والتأهيل والمكافأة والحوافز.

وفي مجال العلاقات الثقافية اهتمت الوزارة بإبرام العديد من الاتفاقيات الدولية والبرامج التنفيذية كان حصيلتها تبادل العديد من الطلبة الوافدين وإيفاد عددا من الطلبة الأردنيين للدراسة في الخارج، إضافة إلى عقد عدة اتفاقيات تعاون مع عدد من المؤسسات الدولية العلمية كبرنامج فولبرايت، والاتحاد العربي للتعليم التقني، وأكاديمية القيادة الدولية/جامعة الأمم المتحدة العاملة في الأردن، وغيرها لتشجيع الاتصال والتعاون الدوليين في ميادين العلم والثقافة والمشاركة في المؤتمرات وورش العمل والدورات المتخصصة وتبادل الأكاديميين، وكذلك التعاون مع البنك الدولي الذي بدعم كثير من مشاريع  قطاع التعليم والتعليم العالي وتمويل المشاريع النادرة لهذا القطاع وكذلك دعم الإناث خريجات كليات المجتمع والوصول بهن لسوق العمل تحقيقا لتكافأ الفرص.